确认可以降低风险的选择方案，评价这些方案的效率和影响，并决定或推荐可以接受的降低风险的措施。 （1）风险水平及其可接受性。根据所确定的适当的保护水平，如果风险不能接受，就需要考虑将风险降低到可接受的水平或低于可接受水平的植物卫生措施。 （2）确定和选择适当的风险管理方案。考虑选择各种植物卫生措施和各种植物卫生措施的组合，包括：应用于货物的措施、为阻止或减少在作物中蔓延的措施和确保生产地区、产地或生长点或作物没有有害生物的措施，国内的控制措施以及禁止输入的措施。 （3）植物卫生证书和其他遵守措施。考虑适当的遵守措施，包括出口验证，要求在植物卫生证书中证实执行了风险管理的措施。 风险分析不是一个简单的过程，在选择有效的降低风险的风险管理方案时，要运用风险评估结果所决定的风险控制方法及其对风险的削减程度。在风险评估中可以确定采取措施前的基准风险水平，在风险管理中将这一基准风险水平与采取措施降低后的风险相比较，测定植物卫生措施的有效性。 风险评估和风险管理之间有着直接的依赖关系，且本质上都具有分析的特性。风险管理的意义在于对降低风险的方案的识别和评价，虽然广义上风险管理也包括决策制订和实施（运作方面），以及在实践中降低风险的工作系统，但通常并不认为是风险分析过程的一个组成部分。 有害生物风险分析要确认风险评估和降低风险的风险管理措施相关的“不确定性”，明确不确定性的领域和不确定性的程度。不确定性是由于信息的不完整或可获得的信息的不断变化造成的。确认不确定性的目的是给决策者提供尽可能完整和客观的意见。